Bahagian Perancangan dan Pengurusan telah dibahagikan kepada Seksyen Perancang, Pembangunan dan Korporat dan Seksyen Pengurusan Taman. Fungsi setiap Seksyen tersebut diterangkan seperti di bawah:

Seksyen Perancang, Pembangunan dan Korporat

• Mengesan, memilih dan mempertahankan kepentingan Malaysia di peringkat antarabangsa berkaitan hal-hal pengurusan ekosistem marin.
• Menjalinkan perhubungan dan melaksanakan kerjasama teknikal di peringkat antarabangsa berkaitan dengan pengurusan ekosistem marin terutama pengurusan Taman Laut.
• Mengkaji dan mengenalpasti isu-isu yang berkaitan pertalian antara pengurusan ekosistem marin dan perdagangan serta hal-hal berkaitan dengan Perjanjian Alam Sekitar pelbagai hala dan Pertubuhan Perdagangan Sedunia seperti Konvensyen Kepelbagaian Biologi (CBD), Konvensyen Perdagangan Antarabangsa Spesies Flora Dan Fauna Liar Terancam (CITES), Protokol Kyoto.
• Bertindak sebagai  “Focal Point” untuk projek pembiayaan dari luar negara seperti UNDP, UNEP, GEF, Bank Dunia, JICA, DANIDA.
• Bertindak sebagai wakil negara bagi jawatankuasa peringkat antarabangsa yang berkaitan dengan pengurusan ekosistem marin seperti International Coral Reef Iniatative (ICRI).
• Menjadi Focal Point untuk projek ’intergovernmental body’, seperti COBSEA (Coordinating Body of South East Asia Sea’s) hal berkaitan Kawasan Perlindungan Marin.
• Menjadi ’Sub-component focal point’ untuk sumber terumbu karang bagi projek tajaan Global Environmental Facilities (GEF) bertajuk ’Reversing the Environmental Degradation of South China Seas’.
• Mengubal dan mengurus secara keseluruhan mengenai perancangan untuk mencapai hala tuju, misi dan visi Jabatan.
• Mengkaji polisi Taman Laut berkaitan eko-pelancongan, perikanan, pemuliharaan, biodiversiti, penguatkuasaan, penyelidikan dan antarabangsa.
• Menjadi urusetia kepada mesyuarat jawatan kuasa teknikal seperti Majlis Penasihat Kebangsaan Taman Laut dan Rizab Laut, Jawatankuasa Teknikal Inventori Biodiversiti Marin.
• Memantau pelaksanaan Sasaran Kerja Utama Jabatan.
• Menyelaras urusan Parlimen merangkumi soalan parlimen.
• Menyelaras urusan Mesyuarat Kabinet dan kertas jemaah menteri.
• Menyelaras lawatan delegasi luar negeri.
• Menyelaras dan memantau segala program usahasama antara agensi dalam negara.
• Menyelaras dan menerbit Laporan Tahunan.
• Mengurusetia pertandingan inovasi peringkat Jabatan.

Seksyen Pengurusan Taman

• Mengurus, memantau dan mengenal pasti kepentingan serta aktiviti golongan “stakeholder” dan pelawat.
• Membentuk pelan pengurusan pelancongan di Taman Laut.
• Mengumpul data-data berkaitan industri pelancongan di Taman Laut.
• Ahli Jawatan Kuasa Pelancongan Persekutuan dan Jawatankuasa Keselamatan Pelancongan Kebangsaan.
• Menyelaras Mesyuarat Jawatankuasa Pelancongan Peringkat Negeri.
• Membentuk dan mempromosikan amalan pelancongan  alam sekitar terbaik kepada stakeholder, operator pelancongan dan pelancong di kawasan Taman Laut.
• Menentukan kriteria dan memberikan  pengiktirafan alam sekitar kepada pengusaha pelancongan di Taman Laut.

• Pembentukan Pelan Pengurusan untuk setiap gugusan Taman merangkumi :

  • Sistem Pengezonan  Aktiviti.
  • Program Rehabilitasi.
  • Sistem Pengawaselian dan Pemantauan Aktiviti.
  • Sistem Pemantauan Habitat.
  • Sistem Pengurusan Maklumat Dan Data.
  • Program Kesedaran Dan Pendidikan Alam Sekitar Marin Dan Taman Laut.
  • Pelan penyelidikan dan sistem pemantauan alam sekitar marin.
  • Program pembangunan infrastruktur dan kemudahan.
  • Pelan pembangunan kapasiti sumber manusia.
  • Kadar Daya Tampungan ('carrying capacity').
  • Penentuan dan peningkatan Nilai Ekonomi habitat.
• Semakan semula dan mengemas kini Pelan Pengurusan Taman setiap 5 tahun.
• Menyelaras pelaksanaan Pelan Pengurusan Taman yang telah dibentuk.
• Mengenalpasti lokasi dan habitat di dalam perairan Taman Laut yang mempunyai nilai konservasi, biodiversiti, komersil dan tahap kesihatan sumber terumbu karang.
• Mengenal pasti spesies penunjuk utama bagi setiap habitat spesifik dari segi kesihatan, biodiversiti, endemik atau terancam dan nilai komersil.
• Mengenal pasti isu dan ancaman terhadap habitat spesifik untuk mendapatkan gambaran secara keseluruhan status ekosistem marin di dalam perairan Taman Laut.
• Mengurus dan mengemaskini status pengurusan habitat berdasarkan pelan pengurusan sedia ada.
• Mengenalpasti kawasan yang berpotensi untuk digazetkan sebagai kawasan perlindungan marin.