Dua (2) Seksyen iaitu Seksyen Penyelidikan dan Seksyen Inventori Sumber telah diletakkan di bawah Bahagian Penyelidikan dan Inventori Sumber, Jabatan Taman Laut. Fungsi setiap Seksyen tersebut diterangkan seperti di bawah:

Seksyen Penyelidikan

• Mewujudkan mekanisma jaringan perhubungan antara universiti dan institusi penyelidikan bagi mempertingkatkan maklumat penyelidikan untuk pengurusan ekosistem marin.
• Menyelaras penyelidikan bersama universiti dan institusi penyelidikan luar dan dalam negara.
• Membentuk Bidang Keutamaan Kajian ('Research Priority Area') dan Pelan Penyelidikan berkaitan ekosistem marin.
• Merancang, menyelaras dan mendapatkan dana bagi program penyelidikan dan pemantauan.
• Menyelaras dan menerbit Laporan Penilaian Dan Analisis Penyelidikan.
• Menyelaras dan mengurus Permit Kajian.
• Membangun dan menyebarkan kit analisa piawai serta prosedur penyimpanan.

Seksyen Inventori Sumber

• Merancang, menyelaras dan melaksanakan program pemantauan jangka panjang di kawasan Taman Laut :
  • Pemantauan sumber marin termasuk terumbu karang.
  • Tahap dan kesan sedimentasi terhadap habitat.
  • Kualiti Air.
  • Pergerakan arus, morfologi pantai dan hidrodinamik.
  • Kesihatan organisma termasuk kajian penyakit.
  • Fenomena alam yang berkaitan seperti El-Nino, La-Nina, Tsunami, Monsoon.
  • ‘Biological Outbreak’ dan tahap infestasi seperti algal bloom, Crown of Thorns dan Drupella spp.
• Menghasilkan laporan status kesihatan habitat di kawasan Taman Laut.
• Memantau perjalanan projek pembangunan di Pulau Taman Laut agar ikut tindakan mitigasi yang di syorkan.
• Menjalankan Kajian EIA ke atas projek-projek yang dicadangkan.
• Menjalankan pemantauan beberapa aspek ’key indicator’ seperti ikan, terumbu karang bagi semua projek yang dapat kelulusan EIA pada masa sebelum, semasa dan selepas perlaksanaan projek.
• Memberi nasihat teknikal dan ulasan kepada agensi-agensi yang terlibat dalam meluluskan projek pembangunan di Taman Laut.
• Menjadi ahli kepada Jawatankuasa Penilaian bagi laporan penilaian alam sekitar untuk semua permohonan projek pembangunan yang dicadangkan untuk dijalankan di kawasan taman laut.